Подводную экспозицию на глубине около метра анонсировал директор учреждения Юрий Тарариев.
В интервью ТАСС он сообщил, что под водой разместят предметы, для сохранности которых вреден воздух. Юрий Тарариев рассказал, что под водой планируется установить подставки, освещение и видеокамеры, чтобы посетители музея могли рассматривать экспонаты с берега. Будут условия и для погружения с аквалангом.
В музее уже есть более 40 подводных экспонатов — времён Первой и Второй оборон города, а также более древние: римского и византийского периодов. Их нашли археологи в акватории Чёрного моря. Предметы провели под водой длительное время и контакт с воздухом для них разрушителен.
Работы по созданию экспозиции планируют начать в этом году. Но сначала в судоходном канале необходимо разместить подводную лодку «С-49», которую музей получил недавно.